W okresie programowym 2007-2013 współpraca w wymiarze transgranicznym, transnarodowym i międzyregionalnym promowana będzie w ramach odrębnego, nowego Celu 3 polityki spójności Unii Europejskiej – Europejska Współpraca Terytorialna.
O rosnącym znaczeniu współpracy terytorialnej w Unii Europejskiej świadczy również zwiększenie wysokości środków z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego przeznaczonych na realizację międzynarodowych przedsięwzięć promujących współpracę pomiędzy partnerami pochodzącymi z krajów UE, a także z krajów z UE sąsiadujących. W latach 2007-2013 na rozwój współpracy terytorialnej przeznaczono łącznie na poziomie UE 7,75 mld euro.
Polska, z racji swojego położenia geograficznego oraz dużego zainteresowania polskich partnerów rozwojem współpracy terytorialnej, może stać się jednym z głównych beneficjentów programów realizowanych w ramach Celu 3 w okresie 2007-2013.
Przewiduje się realizację następujących programów Europejskiej Współpracy Terytorialnej z udziałem Polski:
współpraca transgraniczna:
trzy dwustronne programy na granicy polsko-niemieckiej (z udziałem Meklemburgii, Brandenburgii i Saksonii),
Polska – Republika Czeska,
Polska – Słowacja,
Polska – Litwa,
Polska – Szwecja – Dania (Południowy Bałtyk),
współpraca transnarodowa:
Obszar Europy Środkowo-Wschodniej,
Region Morza Bałtyckiego,
program współpracy międzyregionalnej obejmujący całe terytorium UE.
Na granicach zewnętrznych UE współpraca transgraniczna z krajami partnerskimi będzie wspierana ze środków Europejskiego Instrumentu Sąsiedztwa i Partnerstwa. W ramach tego instrumentu z udziałem Polski realizowane będą programy współpracy transgranicznej z Ukrainą, Białorusią i Obwodem Kaliningradzkim Federacji Rosyjskiej.